Seit Beginn dieses Jahrtausends führt die Sophienschule einen Austausch mit der Partnerschule, der deutschsprachigen Abteilung des "Tallinna Saksa Gümnaasium" in Tallinn, durch. Sie befindet sich in unmittelbarer Nähe des Zentrums der estnischen Hauptstadt Tallinn. Der Besuch der Schülerinnen und Schüler in Tallinn findet im Herbst, der Rückbesuch der estnischen Schüler im darauf folgenden Frühjahr bzw. Frühsommer statt. Für den Zeitraum von je einer Woche lernen sich deutsche und estnische Schüler im Unterricht und in den Familien, in denen die Unterbringung erfolgt, kennen. Neben den Vormittagen, die gemeinsam in der Schule verbracht werden, Werden gemeinsame Exkursionen bspw. in die Universitätsstadt Tartu, in den Laheema Nationalpark oder zu deutsch-baltischen Landgütern (Palmse), aber auch in die finnische Hauptstadt Helsinki unternommen. 

Der efs unterstützt den Austausch finanziell, um den Beitrag für alle Schüler finanzierbar zu gestalten.